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Le Conservatoire botanique national du Massif central est régulièrement amené à conseiller les gestionnaires de milieux naturels : conservatoires régionaux d’espaces naturels, Office national des forêts, réserves naturelles ou associations en charge de la gestion de milieux naturels (FRAPNA, LPO, fédérations de chasse)…
Cet appui porte essentiellement sur l’identification de la flore, de la végétation et des habitats naturels, l’aide à la détermination d’espèces, l’état des lieux préalables à des plans de gestion, la définition de protocoles d’inventaire et de suivi, l’élaboration d’outils cartographiques, les préconisations de modes de gestion, etc.
Appui aux réseaux et comités d’expertise Fort de sa connaissance sur la flore et les végétations, le Conservatoire formule des avis argumentés au sein de nombreux comités scientifiques (CSRPN, parcs naturels régionaux et nationaux, réserves naturelles, conservatoires régionaux d’espaces naturels, réserves biologiques), et comités de pilotage liés à des actions de préservation (Natura 2000).

Il participe aux différents groupes techniques constitués par la Fédération des CBN, visant en particulier l’harmonisation des méthodes, des protocoles et des outils de travail au niveau national ; et à des programmes nationaux tels l’évaluation de l’état de conservation des espèces végétales et des habitats naturels visés par la directive européenne habitats, la cartographie des habitats naturels d'intérêt communautaire…