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Chaque année, en raison de l’accroissement des flux commerciaux et des échanges de marchandises mais aussi des progrès de la sélection génétique, des plantes “nouvelles” viennent côtoyer les plantes indigènes dîtes « sauvages ». Ces plantes exogènes sont parfois proches des espèces autochtones ou s’avèrent, le plus souvent, des cultivars d’espèces indigènes mais originaires de régions éloignées et présentant une écologie différente. Dans tous les cas, leur génome est différent de la flore locale.

Qu’il s’agisse d’opérations de fleurissement en ville, de végétalisation de terrains mis à nu au cours de travaux d’aménagement, d’amélioration de la productivité de végétaux cultivés, l’introduction, volontaire ou accidentelle, de plantes cultivées ou de plantes dont les gènes sont différents, dans un milieu naturel ou semi-naturel, peut constituer un risque préjudiciable pour le maintien des espèces sauvages autochtones génétiquement proches, voire pour le bon fonctionnement de l’écosystème d’accueil. En effet, par le croisement successif des espèces locales avec ces espèces apportées ou modifiées par l’homme, des changements génétiques (hybridation) peuvent s’opérer au point de réduire les capacités d'adaptation (incendie, gel, sècheresse, parasites, maladies…) des plantes indigènes. Ces modifications peuvent également entraîner une modification du fonctionnement de l’écosystème d’accueil (compétition entre espèces, impact sur la chaîne alimentaire voire sur les services rendus à l’homme) ou encore rendre particulièrement compétitive la plante qui serait porteuse d’un gène trop avantageux.

Cette « pollution génétique », qu’elle soit volontaire ou accidentelle, participe donc à l’aggravation et à l’accélération de l'érosion générale de la biodiversité. Plus que toute autre plante apportée ou modifiée par l’homme, la flore locale est la plus à même de résister à la plupart des aléas naturels car elle porte en elle un génome issu d’une longue évolution et sélection adaptative. Ainsi, pour lutter contre l’amplification de cette pollution génétique, qu’elles que soient les activités humaines concernées (agriculture, horticulture, sylviculture…), les Conservatoires botaniques nationaux encouragent véritablement l’usage de végétaux locaux.