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D’une manière globale, la pollution (organique et chimique) des eaux de surfaces, principalement d’origine agricoles et domestiques, constitue une menace importante sur la flore et la végétation des zones humides, en particulier celles des milieux naturellement pauvres en éléments nutritifs (marais, tourbières, grèves alluviales, lacs…).

 Au cours des dernières campagnes de relevés en 2011 (sources : MEDDE 2014), 27 % des nappes souterraines de métropole détenaient une teneur moyenne en nitrates supérieure à 25 mg/l et 11 % supérieure à 40, voire 50 mg/l tandis que les pesticides étaient présents dans 93 % des points de suivi des cours d’eau métropolitains. Les nappes du quart sud-est, ou de l’Auvergne en sont pour l’instant quasi exemptes.
 Notons encore un chiffre pour se convaincre de l’empreinte de l’homme sur la qualité des eaux continentales : environ 900 captages d’eau destinée à la consommation humaine ont été abandonnés entre 1998 et 2008 pour des raisons de pollution diffuse d’origine agricole (nitrates, pesticides), malgré le développement de pratiques agricoles alternatives. Et si l’ONB constate une évolution favorable de la qualité des eaux entre 1998 et 2012, les efforts sont à poursuivre pour respecter les objectifs de bon état des eaux assignés par l’Europe...

Bien qu’une grande partie du Massif central soit épargnée notamment en altitude, de nombreux milieux sensibles ont été détruits ou pollués au cours du siècle dernier, à proximité des terroirs les plus densément peuplés et/ou cultivés entrainant la disparition d’une flore rare et spécifique. Les rares ensembles de zones humides encore présents (tourbières des plateaux de Millevache ou du Cézallier, lacs d’altitude, gorges de la Loire ou de l’Allier, étangs de la plaine du Forez…) confèrent aux collectivités locales une forte responsabilité en matière de conservation.

 Les sols ne sont pas épargnés et sont au cœur de grands enjeux environnementaux. N’oublions pas qu’ils renferment l’eau et les nutriments indispensables à la croissance des végétaux. Or, les sols sont fragilisés, voire dégradés par la pression des activités humaines : agriculture, industrie, construction, transport, activités domestiques. La pollution des sols peut être diffuse : retombées atmosphériques de polluants émis par les industries, les transports, le chauffage ; épandage agricole de produits polluants (pesticides, métaux, engrais, effluents d’élevages). Elle peut être également ponctuelle : pollutions industrielles liées à des accidents de transport ou de manutention ou à de mauvais confinements. En 2012, la base Basol recensait 4 142 sites et sols pollués appelant une intervention des pouvoirs publics à titre préventif ou curatif, notamment dans les anciennes régions minières et les régions les plus urbanisées. (sources : MEDDE 2014). 14,5 % des sites pollués en France concernent la région Rhône-Alpes, principalement autour du vallon rhodanien compte tenu de l’implantation historique des activités industrielles, extractives et commerciales sur ce secteur.