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Au delà des activités humaines polluantes, c’est sans aucun doute la surexploitation généralisée des sols et des ressources naturelles qui menace considérablement la flore et la végétation du Massif central. Ces dernières décennies, l’intensification des pratiques pastorales (développement des prairies temporaires en altitude) et agricoles (drainage et mise en culture de prairies humides, surfertilisation…) bouleverse les paysages du Massif central. L’évolution des surfaces de grands espaces toujours en herbe en France mesurée par l’ONB indique une perte de 8 % entre 2000 et 2010. Cette évolution ne traduit pas hélas l’état de conservation de la flore qui s’y trouve. On peut suspecter de profonds changements au sein de la composition floristique des espaces prairiaux. Localement, la raréfaction croissante des prés fleuris (narcisse, jonquille…) n’en est qu’un triste et démonstratif exemple.
 A contrario, l’abandon de certaines pratiques pastorales extensives condamne d’importantes surfaces prairiales à évoluer vers le boisement, parfois accéléré par des plantations artificielles. L’intensification des pratiques forestières (conversion de forêts de feuillus en boisement de résineux, diminution des âges de récolte, plantation d’espaces pastoraux…) participe à cette évolution. L'Ardèche, par exemple, a vu doubler sa couverture forestière au cours des 50 dernières années, en grande partie du fait de la déprise agricole sur les pentes des piémonts (sources : PER).
Les richesses du sous-sol sont également particulièrement sollicitées. L’extraction de minéraux non métalliques (industriels ou utilisés principalement dans la construction) constitue le premier flux entrant dans l’économie, qui atteint 369 millions de tonnes en 2012, soit environ 6 tonnes par habitant. Les minéraux extraits sont principalement utilisés dans la construction, et composés en grande partie des graviers et sables. Ces minéraux de construction représentent environ 50 % de l’extraction intérieure (sources SSP, AGRESTE, UNICEM, SESSI, SOeS 2012). Le développement des carrières et des puits d’extraction génère ainsi une pression forte sur l’environnement dont la flore et la végétation, en particulier dans le Massif central où les ressources minières sont nombreuses.