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Depuis sa création, le Conservatoire botanique national du Massif central privilégie et encourage le maintien de la flore et de la végétation dans son milieu originel en proposant des mesures de protection et de gestion conservatoire auprès des propriétaires de sites naturels, administrations et gestionnaires compétents. Rappelons que les Conservatoires botaniques nationaux ne sont pas des gestionnaires d’espaces naturels : leur rôle sur la préservation in situ des espèces et des habitats concerne surtout l’intégration des connaissances biologiques et écologiques sur la flore et la végétation dans les plans de gestion, le suivi des populations et des végétations ainsi que le porter à connaissance des techniques de gestion conservatoire.
Les mesures de gestion proposées consistent par exemple au maintien du pâturage sur un site menacé par la colonisation arbustive, à la restauration des systèmes de contrôle des niveaux d’eau dans un marais, ou encore à la modification d’un tracé de randonnée pédestre… Ces actions de conservation in situ s’appuient généralement sur les réglementations nationales et internationales relatives à la sauvegarde d’espèces protégées dans leur environnement naturel et font régulièrement intervenir les Conservatoires d’espaces naturels.

Les CBN interviennent également dans la lutte contre les espèces exotiques envahissantes, en particulier sur les aspects relatifs à la connaissance des espèces (biologie, écologie, répartition…) et aux impacts qu’elles génèrent sur la flore indigène.