Dix ans après sa création, le bilan des réalisations du Conservatoire botanique national du Massif central est largement positif. Il a notamment tenu les engagements pris dans les précédents contrats de plan État-Régions :

• en capitalisant une connaissance sans équivalent dans d'autres réseaux, sur la flore sauvage (vasculaire et bryophitique) et les végétations et sur leurs évolutions (près de 3,5 millions de données floristiques et plus de 500 000 hectares d’habitats naturels cartographiés);
  
  
• en gérant ces données au sein d’un système d’information particulièrement performant (CHLORIS®) développé, en 2001, par le Conservatoire botanique grâce au soutien de la DATAR Massif central;
  
  
• en animant un réseau de correspondants constitué de près de 100 botanistes bénévoles et établissant des collaborations avec les principales sociétés botaniques et les autres réseaux naturalistes;
  
  
• en développant au niveau interrégional (Auvergne, Limousin, Rhône-Alpes) des méthodologies et des outils de travail communs permettant l'harmonisation des informations et leur analyse rigoureuse;
  
  
• en engageant des programmes majeurs de connaissance de la flore sauvage (inventaire de la flore de l’Auvergne, de la Loire et du Rhône) et des végétations (caractérisation des habitats naturels des Parcs naturels régionaux du Pilat, des Monts d’Ardèche, de Millevaches en Limousin et du Périgord-Limousin);
  
  
• en apportant un appui scientifique et une capacité d’expertise aux services de l'État et des collectivités territoriales dans le domaine de la flore et des habitats naturels (mise en place du réseau Natura 2000, réserves naturelles régionales, espaces naturels sensibles des départements, suivi des espèces végétales invasives…);
  
  
• en établissant des partenariats constructifs avec les principaux gestionnaires d'espaces naturels (Office national des forêts, Parcs naturels régionaux, Conservatoires régionaux et départementaux d’espaces naturels, Conseils généraux…);
  
  
• en mettant à disposition du public les informations produites et collectées (sites internet des DIREN, documents de vulgarisation…);
  
  
• en publiant des ouvrages de référence sur la flore et les végétations (Atlas de la Flore d’Auvergne, Catalogue des végétations du Parc naturel régional du Pilat, Guide d’identification des zones humides du Limousin, Zones humides de l’Allier : manuel d’identification simplifiée, Carte des végétations du Parc naturel régional du Pilat );
  
  
• en assurant le recensement (participation active à l’élaboration du livre rouge de la flore menacée de France et des listes rouges régionales), le suivi et la conservation in et ex situ des espèces végétales les plus menacées de son territoire d’agrément;
  
  
• en contribuant à l'établissement des listes d'espèces végétales protégées;
  
  
• en participant à l'actualisation de l'inventaire des ZNIEFF;
  
  
• en établissant des liens souvent utiles entre les politiques de l'État et celles des collectivités territoriales en matière de connaissance et de préservation du patrimoine floristique et des milieux naturels.